制药污水处理设备来源于生产过程中的清洗和分离过程。由于不同制药企业生产的产品不同，废水的排放存在很大的差异，制药废水的处理方法也不尽相同。

一般来说，制药污水处理设备浓度高，难以降解；生物制药废水浓度低，但能抑制微生物；中药废水浓度高，色度高，可生物降解性好，不同的制药废水处理方法不同，有必要根据不同的制药生产企业制定专业污水处理方案，以满足污水处理的排放标准。

制药污水处理设备因其浓度高，色度高，难降解，具有一定的生物毒性，属于高浓度难降解有机废水处理。此外，部分制药废水含盐量高，氨氮含量高，硫酸盐，氯离子，磷酸盐污染物含量高，大部分污水BOD/COD<0。生物发酵制药废水和化学合成制药废水的COD排放标准为120mg·L，z中药制药废水的排放限值为100mg·L，混合试剂制药废水的排放标准为60mg·L3，可生化性差，这增加了制药废水处理的难度。2008年8月1日实施的《医药工业水污染物排放标准》对各类制药废水处理有不同的处理要求。上述要求比发展中国家更严格，接近或符合美国和欧盟的标准。

化学药剂预处理的目的是破坏化学药剂中的大分子成分，通常采用化学氧化-化学还原的方法。

对于生物制药废水的预处理，去除废水中生物制剂组分的主要工艺是沉淀、过滤、灭活和杀菌。

对于中药制药污水，一般是去除药渣和植物色素，通常用于机械过滤或化学絮凝。

污水预处理后，采用立原环保公司开发的高效UASB厌氧反应器、LYIC厌氧反应器和燕厌氧复合床。

经过上述处理后，对制制药污水处理设备进行好氧生物处理，传统上采用高效、稳定的生物接触氧化工艺处理制药废水，经过上述处理后，废水处理基本达到标准。如果需要对成分复杂或出水要求高的废水进行脱色、脱盐、脱氮和去除剩余COD，则可通过深度氧化或膜分离实现上述要求。